Sesuai dengan restrukturisasi organisasi yang diterapkan baru-baru ini, susunan organisasi PT Rekayasa Industri telah mengalami perubahan seperti yang diperlihatkan dalam halaman berikutnya. Pada dasarnya organisasi terdiri dari Direktur Eksekutif, Unit Operasional, dan Unit Usaha. Unit Usaha berperan sebagai pusat laba independen. Pengoperasian perusahaan dalam menangani proyek dilaksanakan berdasarkan gugus tugas maupun sebagai kombinasi gugus tugas dan dasar matriks organisasi bergantung pada ukuran dan kompleksitas .